بمبادرة من جمعية الفجيرة الخيرية برئاسة معالي السيد سعيد بن محمد الرقباني، رئيس مجلس الأدارة، شهد عام 1989 أول نواة لجامعة الفجيرة حيث قامت الجمعية بإنشاء مركز الفجيرة للعلوم والثقافة، كأول مركز غير ربحي متخصص في التعليم المستمر والتطوير الإداري في الإمارة. تم تحويل المركز إلى ”كليه الفجيرة” في الأول من سبتمبر 2006 وفقاً للترخيص الممنوح من هيئة الاعتماد الأكاديمي بوزارة التعليم العالي والبحث العلمي.